PCR擴增檢驗實驗室原則上分為四個單獨的工作區域：試劑貯存和準備區、標本制備區、擴增反應混合物配制和擴增區、擴增產物分析區。為避免交叉污染，進入各個工作區域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區→標本制備區→擴增反應混合物配制和擴增區→擴增產物分析區。 各實驗區之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。
臨床PCR實驗室設計的“16字口訣”：各區獨立、注意風向、因地制宜、方便工作。
(1)在物理空間上，必須是完全相互獨立的，各 區域無論是在空閑還是在使用中，應始終處于 完全的分隔狀態; (2)不能有空氣的直接相通。
1）確認意向，簽訂合同：客戶需求了解，項目效益評估，裝修現場條件評估。
2）建設規劃，布局設計：指導分區布局設計和平面布置，裝修現場評估。
3）籌建及施工：施工和設施安裝指導。
4）實驗室儀器設備配置：根據項目需求提供設備清單，協助/完成采購。
5）實驗室布置：分區標識指導，物品布置指導。
6）人才技能培訓：技術培訓（可與實驗室布置同步進行）
7）實驗室驗收：指導質量體系搭建、指導驗收前準備、協助驗收申辦、驗收過程陪同等。
儀器、試劑要求
儀器：必須三證齊全
試劑：必須NMPA批準
項目：新開展檢測項目應有相應臨床出具的評估報告；在技術審核前應進行方法學驗證
實驗人員要求
必須持有PCR上崗合格證，PCR 實驗室操作人員至少2名；
通過參加省臨床檢驗中心組織的臨床基因擴增實驗室技術人員上崗培訓班獲得上崗證，培訓班內容包括理論培訓和實驗培訓。
需要具備資格、培訓、技能與業績檔案
需要有培訓記錄及實施記錄：每人需有年度培訓內容（包括外出學習、進修、內部質量手冊學習、業務學習及新項目開展學習等）。
樣本間交叉污染
主要是在采（取）樣的過程中，由于取樣工具之間的交叉造成污染；或者在核酸提取的過程中，由于移液器、離心管等使用不當導致的污染。
PCR試劑的污染
主要是在PCR試劑配制過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。
質粒的污染
在實驗室操作中經常會用到陽性參考品，這些陽性參考品大多數是由某些質粒制作而成，質粒在單位容積內濃度高，不小心使用極易造成污染。
PCR擴增產物污染
這是PCR反應中常見的污染問題。因為PCR產物拷貝量大，遠遠高于PCR檢測數個拷貝的極限，所以極微量的PCR產物污染，就可造成假陽性結果。還有一種容易忽視，可能造成PCR產物污染的形式是氣溶膠污染，在空氣與液體面摩擦時就可形成氣溶膠，據計算一個氣溶膠顆粒可含4.8萬拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。
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